Il cognome Zanotti, tipico dell'Italia settentrionale, è una delle tante varianti del cognome Zani. Così come altri cognomi italiani, l'origine del cognome Zanotti, va ricercata in un nome proprio di persona, in questo caso la storia nome è riferibile al nome Gianni. L'etimologia di Zanotti è quindi da far discendere da quella di Gianni. Gianni, così come Zani è un ipocoristico del nome Giovanni.
Il significato e origini del cognome Zanotti sono da ricercare in quelle del nome Giovanni, un nome di origine ebraica, johanan, che significa "dono del Signore", in antichità questo nome veniva imposto ad un figlio lungamente atteso, nato quando i genitori temevano di non avere più figli. Il nome Giovanni ha la particolarità di avere diversi ipocristici che hanno assunto, col tempo, la valenza di nome proprio, come Gianni, Nanni, Vanni e Zani. In nome Zani, e così tutte le sue possibili varianti, da nome proprio, diventò cognome perché, magari per un errore di trascrizione in qualche atto o documento, il nome del padre veniva indicato come cognome, in questo modo il figlio di un uomo che si chiamava Zani o Zanotto, si ritrovava ad essere indicato con questo cognome.
Il cognome Zanotti, presente in Italia con oltre 3 mila persone che hanno questo cognome, è diffuso soprattutto in Lombardia, con oltre 1500 persone, ma è ben rappresentato anche in Emilia Romagna e Piemonte. Zanotti ha almeno tre ceppi in Italia che derivano tutti dalle variazioni regionali del nome Johanni, in alcuni dialetti Gianni o Giani o ancora Zani.
Nell'araldica cognomi si trova menzionata una famiglia Zanotti, si tratta di un'antica e nobile famiglia piemontese, originaria di Casale Monferrato, che nel corso dei secoli, si spostò in diverse regioni d'Italia, lo stemma di questa famiglia, con fascia d'argento e sei stelle, aveva raffigurata l'effigie di un'aquila nera coronata. Furono diverse le famiglie nobili che portarono questo cognome, tra queste vanno ricordatati anche i conti Zanotti di Valmacca.